DIAGNOSIS PENYAKIT TANAMAN (BAKTERI)

Pengertian diagnosis secara umum adalah kepastian suatu penyakit berdasarkan gejala yang tampak, atau  suatu proses untuk mengidentifikasi suatu penyakit tanaman melalui gejala dan tanda penyakit yang khas termasuk faktor-faktor lain yang berhubungan dengan proses penyakit tersebut.
Diagnosis penyakit yang benar diperlukan untuk merekomendasikan cara pengendalian yang tepat dan juga diperlukan dalam suatu survei penyakit tanaman. Dalam hal ini diagnosis dilakukan untuk mengidentifikasi bakteri, cendawan, virus ataupun  organisme antagonis dan produk metabolitnya.
Diagnosis penyakit tanaman berdasarkan gejala saja belum memadai atau tidak cukup.  Hal ini karena untuk  mengidentifikasi suatu penyakit disebabkan banyak organisme  yang berbeda dapat menunjukkan  gejala yang sama pada inang yang diinfeksinya.  Dalam hal ini perlu diperhatikan kemungkinan kemungkinan adanya organisme  sekunder atau saprofit yang turut serta menginfeksi bagian tanaman.

Untuk mendiagnosis penyakit tumbuhan pertama kali perlu ditentukan  apakah penyakit tersebut disebabkan oleh bakteri,jamur, virus atau lainnya atau faktor lingkungannya. Dalam beberapa kasus apabila terdapat gejala penyakit atau terdapat tanda i yang khas, maka cukup mudah bagi mereka yang telah berpengalaman untuk menentukan penyebabnya dengan membandingkan gejala yang ada dengan yang terdapat dalam berbagai buku pedoman, CD – compendium dan lainlain.  Akan tetapi pada banyak kasus pengujian yang lebih lengkap terhadap gejala dan mengamati tentang ciri-ciri lainnya sangat penting untuk mendapatkan hasil diagnosis yang tepat.

Diagnosis penyakit tanaman dan identifikasi  penyebab penyakit pada tanaman yang mempunyai nilai ekonomis yang tinggi maka diagnosis yang lebih akurat sangat diperlukan. Hal ini dapat dicapai melalui prosedur isolasi dan seleksi patogen dan jika perlu dilakukan konfirmasi pengujian pada tanaman inang
yang sesuai.

Tahapan dalam diagnosis penyakit tanaman, antar lain adalah adalah :
a. Amati gejala yaitu segala kelainan bentuk atau kelainan sifat tanaman.
b. Pilih bagian tanaman sakit yang memperlihatkan gejala yang belum lanjut (belum
rusak atau busuk keseluruhan) atau terlalu awal. Gejala yang terlalu lanjut
biasanya sudah ditumbuhi cendawan serta bakteri saprofit yang sering kali
mengganggu pertumbuhan. Gejala yang terlalu awal juga menyulitkan diagnosa
karena sukar memperoleh tanda penyakit.
c. Bersamaan dengan melihat gejala ini perlu pula dilihat tanda penyakit untuk
memperkuat hasil pemeriksaan gejala.
d. Gejala dan tanda penyakit yang belum dikenal atau diragukan identifikasinya yang
nampaknya penyebab penyakit tersebut belum pernah dilaporkan sebelumnya
(penyakit baru) maka harus dilakukan serangkaian pengujian untuk membuktikan
hipotesa bahwa mikrorganisme yang diisolasi adalah penyebab penyakitnya melalui
postulat Koch.
e. Gejala yang disertai tanda keberadaan penyebab penyakit dapat dilakukan
identifikasi lebih lanjut di laboratorium.


Identifikasi Bakteri Penyebab Penyakit
Beberapa bakteri penyakit tanaman berada pada permukaan tanaman atau di dalam tanaman (sebagian besar bakteri). Keberadaan bakteri dipermukaan atau di dalam tanaman menunjukkan bahwa bakteri bakteri tersebut merupakan penyebab utama penyakit. Pada beberapa kasus, seseorang dengan keahlian tertentu dapat melakukan
deteksi dan identifikasi langsung secara visual atau dengan bantuan kaca pembesar. Seringkali identifikasi hanya dapat dilakukan dengan bantuan mikroskop. Tidak semua bakteri tampak pada permukaan tanaman sakit, beberapa lain tampak hanya dari gejala yang ditimbulkan, khususnya untuk bakteri yang berada di dalam tanaman. Sebagian besar bakteri berada pada jaringan yang terinfeksi, antara lain pada jaringan vascular, jaringan bawah tanaman, dan atau didalam perakaran. Pada saat bakteri berada pada jaringan tanaman sakit, ada dua kemungkinan yang terjadi yaitu : (1) Bakteri tersebut adalah patogen penyebab utama penyakit pada tanaman tersebut, atau (2) Bakteri tersebut merupakan salah satu bakteri saprofitik atau bakteri yang
dapat tumbuh pada jaringan yang telah mati.

Diagnosis penyakit bakteri dan identifikasi bakteri penyebab enyakit didasarkan pada gejala awal penyakit yang tampak pada tanaman terinfeksi, jumlah populasi bakteri pada area terinfeksi, dan ketidakberadaan patogen penyebab lainnya. Bakteri adalah mikroorganisme berukuran kecil namun dapat terlihat dengan mikroskop kompon seperti bentuk batang-batang kecil. Identifikasi bakteri sulit dilakukan jika hanya berdasarkan karekter morfologisnya.

Isolasi bakteri pada media agar memerlukan kehati-hatian yang tinggi sehingga terhindar dari kontaminasi bakteri saprofit. Saat ini, telah dikembangkan beberapa media selektif yang sesuai untuk hampir semua bakteri patogen tanaman. Media ini tentu tidak sesuai untuk bakteri saprofit, sehingga dapat dipastikan bahwa pada media selektif bebas dari pertumbuhan bakteri saprofit. Hal ini akan memudahkan
proses identifikasi hingga tingkat genus dan spesies. Cara termudah dan terpercaya untuk membuktikan bahwa bakteri tersebut adalah patogen penyebab adalah melalui isolasi koloni tunggal dan menumbuhkan bakteri pada media, untuk selanjutnya diinokulasi kembali pada tanaman inang yang peka. Gejala yang dihasilkan dari inokulasi tersebut dibandingkan dengan gejala yang disebabkan oleh spesies bakteri yang telah diketahui sebelumnya.

Perkembangan metode identifikasi patogen tanaman saat ini telah mengalami perubahan sejak akhir abad ke-20. Tahun 1970, teknik immunodiagnostic, termasuk teknik agglutinasi dan presipitasi,pewarnaan flouresen dengan antibody, teknik ELISA, mulai digunakan untuk deteksi dan identifikasi bakteri patogen tanaman. Beberapa
teknik tersebut lebih sensitiF, lebih spesifik, cepat, dan mudah, dan merupakan metode yang telah distandardisasi. Hingga kini secara komersial telah tersedia antisera sebagai bahan identifikasi bakteri patogen tanaman.

berdasarkan penggunaan asam lemak oleh bakteri yang ada pada makanan (Biolog). Identifikasi lain yang juga berkembang adalah berdasarkan asam nukleat, dengan membandingkan jumlah DNA yang dihasilkan oleh enzim restriksi tertentu, atau derajat (persentasi) DNA yang terhibridisasi dari bakteri yang belum diketahui dengan DNA dari bakteri yang telah diketahui. Beberapa teknik molekuler tersebut saat ini digunakan untuk identifikasi bakteri patogen yang vastidious pada
vascular.