DIAGNOSIS PENYAKIT TANAMAN YANG DISEBABKAN BAKTERI

Untuk mendiagnosis penyakit tumbuhan pertama kali perlu menentukan apakah penyakit tersebut disebabkan oleh bakteri atau faktor lingkungannya. Dalam beberapa kasus apabila terdapat gejala penyakit atau terdapat tanda bakteri yang khas, maka cukup mudah bagi mereka yang telah berpengalaman untuk menentukan penyebabnya dengan membandingkan gejala yang ada dengan yangterdapat dalam berbagai buku pedoman, CD – compendium dan lainlain.
Akan tetapi pada banyak kasus pengujian yang lebih lengkap terhadap gejala dan mengamati tentang ciri-ciri lainnya sangat penting untuk mendapatkan hasil diagnosis yang tepat.

Diagnosis penyakit tanaman dan identifikasi bakteri penyebabnya sering dilakukan berdasarkan gejala dan adanya eksudat bakteri didalam jaringan tanaman yang terserang. Cara diagnosis tersebut tergolong cepat tetapi biasanya memerlukan pengalaman luas dibidang penyakit bakteri. Pada keadaan dengan pengalaman yang masih terbatas atau diagnosis penyakit karantina yang mempunyai nilai ekonomis yang tinggi maka diagnosis yang lebih akurat sangat diperlukan. Hal ini dapat dicapai melalui prosedur isolasi dan seleksi bakteri, jika perlu dilakukan konfirmasi pengujian pada tanaman inangyang sesuai.

Tahapan diagnosis penyakit tumbuhan, yang perlu dilakukan adalah :

a. Amati gejala yaitu segala kelainan bentuk atau kelainan sifat tanaman.
b. Pilih bagian tanaman sakit yang memperlihatkan gejala yang belum lanjut
(belum rusak atau busuk keseluruhan) atau terlalu awal. Gejala yang terlalu
lanjut biasanya sudah ditumbuhi cendawan serta bakteri saprofit yang sering
kali mengganggu pertumbuhan bakteri utamanaya. Gejala yang terlalu awal
juga menyulitkan diagnosa karena sukar memperoleh tanda penyakit.
c. Bersamaan dengan melihat gejala ini perlu pula dilihat tanda penyakit untuk
memperkuat hasil pemeriksaan gejala.
d. Gejala dan tanda penyakit yang belum dikenal atau diragukan identifikasinya
yang nampaknya penyebab penyakit tersebut belum pernah dilaporkan
sebelumnya (penyakit baru) maka harus dilakukan serangkaian pengujian
untuk membuktikan hipotesa bahwa bakteri yang diisolasi adalah penyebab
penyakitnya melalui postulat Koch.
e. Gejala yang disertai tanda keberadaan bakteri penyebab penyakit dapat
dilakukan identifikasi lebih lanjut di laboratorium.


Identifikasi Bakteri Penyebab Penyakit

1. Beberapa bakteri penyakit tanaman berada pada permukaan tanaman
atau di dalam tanaman (sebagian besar bakteri). Keberadaan bakteri
dipermukaan atau di dalam tanaman menunjukkan bahwa bakteribakteri
tersebut merupakan penyebab utama penyakit.

2. Pada beberapa kasus, seseorang dengan keahlian tertentu dapat melakukan deteksi dan identifikasi langsung secara visual atau dengan bantuan kaca pembesar. Seringkali identifikasi hanya dapat dilakukan dengan bantuan mikroskop.

3. Tidak semua bakteri tampak pada permukaan tanaman sakit, beberapa lain tampak hanya dari gejala yang ditimbulkan, khususnya untuk bakteri yang berada di dalam tanaman.

4. Sebagian besar bakteri berada pada jaringan yang terinfeksi, antara
lain pada jaringan vascular, jaringan bawah tanaman, dan atau di
dalam perakaran.

Pada saat bakteri berada pada jaringan tanaman sakit, ada dua
kemungkinan yang terjadi yaitu :
Bakteri tersebut adalah patogen penyebab utama penyakit pada
tanaman tersebut, atau
Bakteri tersebut merupakan salah satu bakteri saprofitik atau bakteri yang dapat tumbuh pada jaringan yang telah mati.

Diagnosis penyakit bakteri dan identifikasi bakteri penyebab didasarkan pada gejala awal penyakit yang tampak pada tanaman terinfeksi, jumlah populasi bakteri pada area terinfeksi, dan ketidak beradaan patogen penyebab lainnya.

Identifikasi bakteri sulit dilakukan jika hanya berdasarkan karekter morfologisnya. Isolasi bakteri pada media agar memerlukan kehati-hatian yang tinggi sehingga terhindar dari kontaminasi bakteri saprofit.

beberapa media selektif yang sesuai untuk hampir semua bakteri patogen tanaman. Media ini tentu tidak sesuai untuk bakteri saprofit, sehingga dapat dipastikan bahwa pada media selektif bebas dari pertumbuhan bakteri saprofit. Hal ini akan memudahkan proses identifikasi hingga tingkat genus dan spesies.


cara termudah dan terpercaya untuk membuktikan bahwa bakteri tersebut adalah patogen penyebab adalah melalui isolasi koloni tunggal dan menumbuhkan bakteri pada media, untuk selanjutnya diinokulasi kembali pada tanaman inang yang peka.

Gejala yang dihasilkan dari inokulasi tersebut dibandingkan dengan
gejala yang disebabkan oleh spesies bakteri yang telah diketahui
sebelumnya .

Perkembangan metode identifikasi patogen tanaman saat ini telah
mengalami perubahan seperti al: teknik immunodiagnostic, termasuk teknik agglutinasi dan presipitasi, pewarnaan flouresen dengan antibody, teknik ELISA, mulai digunakanuntuk deteksi dan identifikasi bakteri patogen tanaman.

Beberapateknik tersebut lebih sensitiF, lebih spesifik, cepat, dan mudah, dan
merupakan metode yang telah distandardisasi. Hingga kini secara komersial telah tersedia antisera sebagai bahan identifikasi bakteri patogen tanaman

teknik yang lebih baru telah dikembangkan berdasarkan penggunaan asam lemak oleh bakteri yang ada padamakanan (Biolog).

Identifikasi lain yang juga berkembang adalah berdasarkan asam nukleat, dengan membandingkan jumlah DNA yang dihasilkan oleh enzim restriksi tertentu, atau derajat (persentasi) DNA yang terhibridisasi dari bakteri yang belum diketahui dengan DNA dari bakteri yang telah diketahui. Beberapa teknik molekuler tersebut saat ini digunakan untuk identifikasi bakteri patogen yang vastidious pada vascular.

Postulat Koch telah diterima secara universal sebagai pembuktian penyebab penyakit dalam hal ini untuk membuktikan hipotesa bahwa bakteri yang diisolasi adalah penyebab penyakit tanaman.


Tahapan yang harus dikerjakan:

Screening test : ada tidaknya bakteri : IF test , PCR, mikroskop (400-10.000 x
perbesaran).
Isolasi pada media selektif : dengan melihat tipe koloni dibuat biakan murni yang
selanjutnya analisa asam lemak, uji biokimia, dan molekular.
3. Uji Patogenisitas : inokulasi pada tanaman tomat.
Reisolasi (isolasi kembali) dan identifikasi bakteri : tipe koloni pada biakan murni
harus sama dengan isolat yang diinokulasikan pada tanaman sehat selanjutnya
diidentifikasi dengan uji IF, PCR, Uji BIOLOG.

Langkah-langkah pengujian Postulat Koch adalah sebagai berikut :
1. Organisme (bakteri) harus ditemukan berasosiasi dengan gejala penyakit yang ada
(bagian tanaman yang sakit diuji).
2. Organisme harus dapat diisolasi dari jaringan yang sakit dan dapat dibuat biakan
murni.
3. Organisme dari biakan murni harus dapat diinokulasikan pada tanaman inang yang
sehat dan menghasilkan gejala penyakit yang sama dengan gejala pada tanaman
sebelumnya.
4. Organisme harus dapat diisolasi kembali (reisolasi) dari tanaman yang di
Inokulasi dan hasilnya harus sama dengan organisme yang dipakai untuk inokulasi.

Jika semua langkah diatas telah diikuti dan dibuktikan kebenarannya maka organisme yang di reisolasi dapat diidentifikasi sebagai organisme yang bertanggung jawab terhadap penyakit.

Identifikasi lanjutan untuk penentuan spesies, sub spesies, patovar dan sebagainya, dapat dilakukan berdasarkan karakter morfologi, fisiologi dan biokimia, molekuler dan sebagainya sesuai metode identifikasi yang dikemukakan pada berbagai manual atau buku pedoman lainnya.